Stosowanie do art. 17 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacji podatkowej (Dz. U. 2015 poz. 613 z późn. zm.) właściwość miejscową naczelnika urzędu skarbowego – jeżeli odrębne ustawy podatkowe nie stanowią inaczej –ustala się zgodnie z ogólną zasadą według miejsca zamieszkania albo adresu siedziby podatnika. W pierwszym przypadku chodzi o przedsiębiorców wpisanych do Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej (CEIDG). W drugim – o podlegające opodatkowaniu podmioty zarejestrowane w Krajowym Rejestrze Sądowym.

Podatek dochodowy od osób fizycznych (PIT)

Jak już zostało zauważone, w celu rozliczenia podatku dochodowego od osób fizycznych właściwy jest urząd skarbowy według miejsca zamieszkania podatnika. Jeżeli natomiast osoba fizyczna nie ma miejsca zamieszkania na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej, właściwość miejscową naczelnika urzędu skarbowego w sprawach opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych ustala się według miejsca pobytu podatnika zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie właściwości organów podatkowych (Dz. U. 165 poz.1371 z późn. zm.).

Wyjątkiem od powyższej zasady jest podatek dochodowy opłacany w formie karty podatkowej, dla którego – zgodnie z art. 29 ust. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1998 r. o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (Dz. U. 1998 nr 144 poz. 930) – właściwy miejscowo jest naczelnik urzędu skarbowego według miejsca położenia zorganizowanego zakładu, wskazanego w zgłoszeniu do CEIDG.

Podatek dochodowy od osób prawnych (CIT)

Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie właściwości organów podatkowych (Dz. U. 2005 nr 165 poz. 1371 z późn. zm.), w sprawach podatku dochodowego od osób prawnych właściwy miejscowo jest organ podatkowy według adresu siedziby wynikającej z odpowiedniego rejestru lub ze statutu (umowy), jeżeli adres siedziby nie został ujawniony w odpowiednim rejestrze.