Prawdopodobnie największym minusem będzie to, że umowa na zastępstwo daje zatrudnionemu mniejszą stabilność i możliwość realizowania planów życiowych niż chociażby umowa na czas określony. Przede wszystkim jest rozwiązywana z dniem powrotu do pracy zastępowanej osoby (data obowiązywania umowy, zwłaszcza tej podpisanej na dłużej, nie musi być precyzyjnie określona, wystarczy orientacyjne wskazanie czasu jej trwania). Umowa wygasa wtedy automatycznie, a nowy pracownik nie musi być nawet o tym uprzedzony – etat może stracić z dnia na dzień. To mniejszy problem przy krótkoterminowych wakacyjnych zastępstwach, duży – gdy zatrudnienie ma trwać np. rok albo dłużej. W takich sytuacjach warto postarać się o wynegocjowanie umowy na czas określony, gwarantującej m.in. okres wypowiedzenia. Pracodawca nie ma również obowiązku przedłużania zastępstwa do dnia porodu, jeżeli pracownikiem jest ciężarna kobieta. Nie może jednak wypowiedzieć jej umowy (w pozostałych sytuacjach takie prawo ma każda ze stron, z zachowaniem trzydniowego okresu wypowiedzenia). Podpisana po raz trzeci z kolei umowa na zastępstwo nie przechodzi też automatycznie w umowę o pracę na czas nieokreślony. Poza tym osoba przyjęta na zastępstwo podlega jak każdy inny zatrudniony zapisom Kodeksu pracy i może korzystać z przysługujących jej z tego tytułu praw, m.in.: płatnego urlopu, opieki zdrowotnej i zwolnień lekarskich czy dodatkowej zapłaty lub ekwiwalentu za nadgodziny. Pracownik na zastępstwo może również skorzystać z przysługującego mu urlopu na żądanie. Oczywiście odprowadzane są za niego wszystkie składki do ZUS-u. To nie oznacza jednak, że na konkretnym stanowisku musi mieć zapewnione warunki pracy identyczne jak poprzednik – inne może być zarówno wynagrodzenie, jak i dodatkowe bonusy, odmienne mogą być także godziny pracy. Wszystkie tego typu ustalenia muszą być jednak zawarte w umowie. Jak widać, umowa na zastępstwo dla pracodawcy może być ciekawą alternatywą wobec np. poszukiwania kadr przez agencje pracy tymczasowej lub zatrudniania na umowę-zlecenie (to ważne np. dla instytucji finansowanych z budżetu państwa). Dla pracownika bez wątpienia zaletą są wszelkie przysługujące mu prawa zapisane w Kodeksie pracy. Plus fakt, że etat – niezależnie od warunków – bywa wartością samą w sobie.